Felsefe ve Din Bilimleri Doktora Programı, felsefe, sosyoloji, mantık, psikoloji, tarih ve eğitim gibi sosyal ve beşeri bilimlerin paradigma ve metodolojileri ışığında din olgusunu araştırmaktadır. Bu alana ilgi duyan ve gerekli dil becerilerini kazanmış ve ilgili alan hakkında temel  akademik bilgi birimine sahip öğrencilerin, alanında uzmanlaşma ve analiz kabiliyetini geliştirme hedefine yönelik olarak ileri düzeyde bilimsel ve akademik çalışma yapmalarına imkan sağlanacaktır.Enstitümüzde lisansüstü eğitim görecek öğrencilere Felsefe ve Din Bilimleri’nin bilgi, literatür ve uygulamadaki birikimini sunmak, bu alanda araştırma, çözümleme, analitik düşünme ve karar verme gibi yetenekleri kazandırmak suretiyle, onları etkin görev ve sorumluluklar üstlenmeye hazır hale getirmek bu programın çerçevesini oluşturmaktadır.Bu program; İlahiyat fakültelerinin ilgili bölümünde yer alan İslam Felsefesi, Felsefe Tarihi, Mantık, Din Felsefesi, Dinler Tarihi, Din Eğitimi, Din Sosyolojisi ve Din Psikolojisi dallarından müteşekkil sekiz bilim dalını içine alan bir programdır.